Las obras del hoy Colegio Aurelio Gómez Escolar comenzaron el 2 de enero 1954, después de que las Hijas de Mª Auxiliadora, que se habían instalado en Burgos en julio de 1952, entregasen a la Caja de Ahorros Municipal el poder de la parcela que habían adquirido, situada detrás de la parroquia -lo que después fue campo de frutales y hoy es patio de recreo-.

Las clases comienzan el 24 enero de 1956. En julio de ese mismo año, coincidiendo con la finalización de las obras, se fundan las Escuelas Profesionales Femeninas, suscribiéndose contrato entre el Instituto FMA (salesianas) y la Caja de Ahorros Municipal, entidad patrocinadora, y se celebran por primera vez las colonias de verano, con el intercambio de niñas de San Sebastián y Burgos.

El curso 56-57 contará con cuatro clases elementales, párvulos (170 niñas) y 20 jóvenes en el taller de costura y bordado. El 31 de octubre se celebra la inauguración oficial del centro.

En 1957 empiezan a funcionar dos aulas de Formación Profesional, objeto de la fundación del centro, con el nombre que se había dado al colegio: Escuelas Profesionales Femeninas, hasta el 22 de marzo de 1979, tras la muerte del Director General de la Caja de Ahorros Municipal de Burgos, el Consejo de Administración de la entidad solicita de la Administración Educativa el cambio de denominación a Colegio Aurelio Gómez Escolar.

La Obra Salesiana en Burgos cuenta en 1957 con un magnífico edificio dotado de todas las comodidades pedagógicas, donde se desarrollan las actividades de Enseñanza Primaria y Párvulos, Enseñanza Profesional de bordado a mano y a máquina, máquinas de punto, clases nocturnas de Corte y Confección para obreras, Oratorio Festivo y Catequesis Parroquial.

Con la Ley de Educación de 1970, el colegio adquiere una nueva configuración: hasta los 14 años se implanta la Educación General Básica (8 cursos de EGB). En 1975 se obtiene la autorización para la Formación Profesional de Primer Grado de Administrativo y Comercial para 40 puestos escolares, adscrito a la Escuela de Maestría I de Burgos. Este nivel deja de existir por falta de alumnado en el Curso 1983-84.

En 1982, la nueva legislación educativa (LODE), hace que el colegio se adapte en espacios y niveles académicos. Se prolonga la enseñanza obligatoria hasta los 16 años, y las 13 aulas ocupan, prácticamente, todos los espacios del colegio, que incluso resultan insuficientes, Se construye de nueva planta el Gimnasio (1996) y, recientemente, el Comedor Escolar (2004).

En todos estos años, acuden al colegio niños y jóvenes de la Barriada y, en general de todo Burgos, llegando a tener hasta cinco autocares de transporte escolar, que recogían niños desde Gamonal hasta la Barriada Yagüe, pasando por Huelgas, en la otra margen del río. En 2001 se suprime porque los alumnos, casi en su totalidad, son del entorno.

En 2006 se celebra el cincuentenario del colegio. El centro cuenta entonces con 315 alumnos, en los niveles de Educación Infantil, Primaria y Secundaria, un claustro altamente cualificado de 23 profesores, personal de administración y servicios que facilitan la tarea educativa. Una comunidad religiosa de seis hermanas mantiene vivo el espíritu salesiano entre jóvenes y educadores, que siguen atendiendo a asociaciones y actividades de tiempo libre.
En 2008 la comunidad salesiana se traslada a vivir en los locales del colegio Virgen de la Rosa, desde donde se trasladan diariamente a la Barriada para continuar colaborando en la animación y gestión del colegio y el oratorio.

Las familias han caminado siempre con el colegio, a través de la Asociación de Padres y también de la Asociación de Mª Auxiliadora (ADMA), a la que pertenecen muchas exalumnas y familiares de nuestros alumnos. Gracias precisamente a una iniciativa impulsada por las antiguas alumnas, se inaugura en 2010 la Glorieta de María Auxiliadora.

En junio de 2013 las hermanas dejan la dirección pedagógica y el colegio inicia una nueva andadura sin abandonar el espíritu de su fundación. El colegio Aurelio Gómez Escolar estrena un proyecto educativo que, bajo una dirección pedagógica seglar, está basado en unos principios humanistas y define una nueva estructura de procedimientos y contenidos. La nueva propuesta educativa de Caja de Burgos desarrolla un modelo de transmisión, no solo de conocimiento, sino también de valores personales, en torno a cinco ejes principales: cultura, solidaridad, emprendimiento, naturaleza y socialización.